Calculadora de peso molecular de péptidos
Pega una secuencia y obtén su fórmula empírica, su masa media y su masa monoisotópica.
Cómo se calcula
Un enlace peptídico se forma quitando una molécula de agua entre dos aminoácidos. La calculadora suma entonces los átomos de cada residuo, que es el aminoácido menos esa agua, y devuelve un agua al final por los dos extremos libres: el extremo N se queda con un H y el C con un OH.
De ese recuento de átomos salen dos masas distintas. La masa media usa los pesos atómicos estándar, que son medias ponderadas sobre los isótopos naturales de cada elemento, y es la cifra que suele dar un catálogo. La masa monoisotópica usa solo el isótopo más ligero de cada elemento, y es lo que informa un espectrómetro de masas para el primer pico del grupo isotópico.
En un péptido corto se diferencian en torno a una unidad; en uno largo, en varias. Comparar una medición monoisotópica contra un cálculo de masa media es una forma frecuente de convencerse de que una muestra correcta está mal. Nuestra nota sobre masa media frente a monoisotópica lo recorre.
Lo que no hace
Maneja los veinte aminoácidos estándar y nada más. Los análogos sintéticos no tienen una letra acordada, así que una secuencia con Aib, D-2-Nal o Nle se rechaza en vez de darle una masa inventada. Varios péptidos de investigación están construidos justo con esos residuos, y por eso no todo compuesto se puede calcular solo desde una secuencia.
También da por hecho un péptido libre y lineal, sin modificaciones. La amidación en el extremo C, la acetilación en el N, un puente disulfuro o un metal unido cambian la masa, y ninguno se ve en una secuencia de letras. GHK y GHK-Cu tienen los mismos tres residuos; la diferencia es el cobre, y esta calculadora no lo va a ver. (Ref.: Pickart y Margolina, 2018)
Por qué el número del vial es mayor
La masa de aquí es la del péptido libre. El material purificado por fase reversa sale como sal, normalmente trifluoroacetato, y el polvo liofilizado además retiene agua absorbida. Las dos cosas añaden peso sin añadir péptido, y ésa es la distancia entre la pureza cromatográfica y el contenido neto. Nuestra nota sobre qué más hay en el vial cubre el resto de la masa.
Comprobarla contra algo conocido
La verificación más rápida es un compuesto con fórmula publicada. BPC-157 es GEPPPGKPADDAGLV, y la calculadora devuelve C62H98N16O22, que es la fórmula de su registro en PubChem. Si una calculadora no coincide con la fórmula publicada de una secuencia en la que confías, la que está mal es la calculadora.
Preguntas frecuentes
¿Cuál es la diferencia entre masa media y monoisotópica?
La masa media usa los pesos atómicos estándar, que son medias ponderadas sobre los isótopos naturales. La monoisotópica usa solo el isótopo más ligero de cada elemento. Un espectrómetro informa el valor monoisotópico del primer pico del grupo isotópico; un catálogo suele dar el medio.
¿Por qué la calculadora rechaza mi secuencia?
Maneja solo los veinte aminoácidos estándar. Los residuos sintéticos como Aib, Nle o D-2-Nal no tienen una letra acordada, así que en vez de inventarles una masa la calculadora rechaza la secuencia.
¿Tiene en cuenta la forma de sal?
No. El resultado es la masa del péptido libre. El material purificado por fase reversa se aísla como sal, normalmente trifluoroacetato, y el polvo liofilizado además lleva agua absorbida, así que un vial pesa más por mol que esta cifra.
¿Puede calcular GHK-Cu?
Calcula GHK, el tripéptido. El cobre no forma parte de la secuencia de letras, así que el complejo tiene otra fórmula y otra masa que esta herramienta no puede deducir de tres letras.
¿Acepta código de tres letras?
Sí. Gly-His-Lys y GHK dan el mismo resultado. Cualquier carácter que no sea una letra se trata como separador.
¿Se envía algo a un servidor?
No. El cálculo corre en tu navegador desde un guion de esta página. Nada de lo que escribes sale del dispositivo.